Доктар Арындам Гхатак з Венскага ўніверсітэта правёў высокапрадукцыйнае пратэёмічнае прафіляванне гатунку бульбы Desiree, каб атрымаць аб'ектыўнае ўсёабдымнае ўяўленне аб зменах у пратэоме бульбы (суме ўсіх прысутных бялкоў) у адказ на розныя стрэсавыя сітуацыі.
Расліны былі вырашчаны ў пілотным эксперыменце ў чэшскай кампаніі PSI, партнёра праекта.
Усе вавёркі былі ізаляваны і папярэдне фракцыянаваны для гэтай складанай экспертызы перад тым, як іх пераварыць і падвергнуць мас-спектраметрыі, што дазваляе выявіць сотні розных бялкоў у адным узоры і, акрамя таго, колькасна вызначыць іх колькасць. Затым для аналізу сабраных дадзеных было выкарыстана праграмнае забеспячэнне Proteome Discoverer (Thermo, Германія). Вавёркі былі ідэнтыфікаваны з дапамогай унутранай курыраванай базы дадзеных Solanum (створанай Інстытутам NIB, Любляна, Славенія).
З збору ўраджаю 1 (праз дзень пасля стрэсу) і збору ўраджаю 3 у агульнай складанасці было знойдзена 10341 бялкоў (8 дзён пасля стрэсу). У зборы ўраджаю 1 стрэс ад забалочвання быў там, дзе назіралася найбольшая мадуляцыя пратэома. Тут вавёркі, якія ўдзельнічаюць у перадачы сігналаў, метабалізме ліпідаў і звязванні РНК, паказалі павышаную актыўнасць у параўнанні з кантрольнай групай. Аналагічным чынам, падчас цеплавога стрэсу ў параўнанні з кантролем колькасць бялкоў, якія ўдзельнічаюць у фотасінтэзе і другасным метабалізме, было павялічана, выяўляючы механізм рэагавання на стрэс пратэома.
У адпаведнасці з ураджаем 1, ураджай 3 таксама паказаў, што стрэс ад забалочвання, спякота і камбінаваны эфект спякоты і засухі былі стрэсамі, якія вызначылі наймацнейшую рэгуляцыю пратэомаў. У параўнанні з кантролем і іншымі стрэсамі, сігналізацыя 14-3-3 была павышана пры стрэсе забалочвання, які ўплывае на вавёркі, якія адносяцца да функцыянальнай катэгорыі энергетычнага абмену.
«Зыходзячы з папярэдняй ідэнтыфікацыі, забалочванне і цеплавой стрэс прадэманстравалі самую моцную рэгуляцыю на ўзроўні пратэома ў параўнанні з іншымі стрэсамі. Тым не менш, будзе цікава паглядзець на пратэём фазы аднаўлення ў параўнанні з іншымі момантамі збору ўраджаю, асабліва падчас стрэсу ад засухі. Працягваецца дадатковы аналіз дадзеных, каб атрымаць глыбокую інфармацыю аб механізмах рэакцыі раслін на стрэс і фазе аднаўлення гатунку бульбы Дэзірэ», — пішуць навукоўцы.
Праект ЕС Horizon 2020 «Паскоранае развіццё ўстойлівага да множных стрэсаў бульбы» (ADAPT), у якім удзельнічае Europatat, накіраваны на распрацоўку новых стратэгій, каб зрабіць бульбу прыдатнай для складаных умоў вырошчвання ў будучыні.
Адной з асноўных задач праекта з'яўляецца вывучэнне марфалагічных, фізіялагічных, біяхімічных і малекулярных змяненняў бульбы ў адказ на адзіночны і камбінаваны стрэс, засуху і забалочванне шляхам прымянення высокапрадукцыйных фенатыпізацый і тэхналогій OMICS (геноміка, транскрыптаміка, пратэёміка або метабаламіка).
Крыніца: https://www.potatobusiness.com